在温病与伤寒区别方面，先生认为：伤寒学派善用古方，也称为经方派；温病学派喜用凉药，故称为时方派。尊经方者，说温病之病，本隶于伤寒论中，治温病之方，并不在伤寒论外，(见陆九芝《世补斋》)。信时方者称治伤寒家，徒守发表攻里之成方，不计辛热苦寒之贻害，遂使温热之旨，蒙昧不明(见《温热经纬》陈伯平外感温热篇)。所谓伤寒学派和温热学派，也就是在治疗用药上，有辛温和辛凉之别。然中医治病的特点，首先在于辨证，其次才是用药。辨为伤寒，自当用辛温；辨为温病，自用辛凉解肌。辨证不明，用药必误。温病学说，离不开伤寒论的理论指导。而伤寒论一书，对温、湿等也略有描述，因此，温病也包括在伤寒范围。如《难经-五十八难》说：“伤寒有五，有中风，有伤寒，有湿温，有热病，有温病。”细译其意，所说的中风即一般伤寒之类。所说的伤寒，即一般感冒和流行性感冒。所说的湿温，相当于现代医学的伤寒。所说的热病，即暑温，相当于流行性乙型脑炎。所说的温病，包括了各种热性病和传染病。明王安道曾说：夫伤寒温暑，其类虽殊，其所受原则不殊也。

因此，以所称而混其治，贻害后人。是伤寒温病虽统名为伤寒，而其病理性质大有区别。他还写道：“仲景之立法垂教，乃法外有方，方外有法，金元四大家虽各成一派，乃羽翼仲景也。后世叶天士卫、气、营、血辨证，深究其理，乃说明温病之轻重浅深所表现的阶段有别，并非病邪之真人卫、人气、人营、人血之意。吴鞠通氏之三焦辨证，亦是说明温病之轻重浅深，而并非病邪果真据于上焦、中焦、下焦之意，亦皆羽翼仲景也。此等外慎勿构执。要知芩连知柏尽可回生，参术硝黄并能起死，唯在用之当与不当耳。”先生荟萃诸家之说，出之以精确观点，非积学有得者，不能为之。

先生一生治病，活人无算，经验颇多。其运机敏、奏效捷，使人目瞠心骇，在其子孔祥琦著述《孔伯华医案拾遗》中有详述病案记载。在用药上, 先生喜用石膏及极善用石膏，多为医林景仰诚服。谁知经验系从《本经》中得来。据先生弟子回忆，先生在讲《本经》时，曾一再指出石膏之性能是微寒无毒；所谓“石膏性大寒”之说，主要倡于唐宋之后，沿袭成风，欲明药性必须依据《本经》。并阐明其研究《本经》所分析之石膏应用方法曰：“以我(自称)的经验来说，石膏是质重气轻，味辛微寒。辛能解肌热，寒能胜胃火，辛能走外，寒能沉内，具有两擅内外之功能。既能清肺胃之火，又能解三焦之热；既能解肌发汗，又能清热止汗，并且又有缓脾益气之功，上行至头之力。况它毫无药之不良气味，煎汤直如清水，服之无难。其它所有清凉解热泻火诸药，恐无及之者。总之石膏之清热泻火，止渴除烦，用于高热汗出、烦渴、神昏谵语等症，乃尽人之所皆知，此不过是侧重于伤寒、温病等外感性疾病而言。欲尽其能，还必须依据《本经》，欲尽其用，还必须参照《伤寒论》与温病学说。《本经》关于石膏的记载：石膏味辛，微寒，主中风寒热，心下道气，惊喘，口干舌焦，不能息，腹中坚痛，除邪鬼，产乳，金疮。虽仅此35 字，但意义深远，明乎此，则其性能功效庶乎尽焉。然则为何具体远尽其用，还必须参照仲景《伤寒论》和后世的温病学说。盖仲景之《伤寒论》虽论伤寒，而百病皆在其中，所以读《伤寒论》应悟仲景法外之法，即此之谓也。后世的温病学说中很多办法，确乎具有卓效，实堪羽翼仲景。同样具有虽论温病，而百病皆在其中的崇高价值，所以必须明乎此，其运用才能左右逢源。仲景深得《本经》之奥，药味运用，悉出《本经》，后人遵用有验。温病学说药味之运用，多从仲景法中所悟出，符合《本经》之旨，后人遵用亦有验，此即不容移易之真理，故乐沿此道而行之。多年来关于石膏应用之一得，亦由此道所从来。”

先生生前曾多次受到周总理的接见，从无私请，总理重之。先生对中央首长的医疗保健工作，备至关怀，多所建树，常受到周总理当面表扬：“孔老不高谈空理, 务求实干。”先生以诊务过忙，济人事殷，著述无暇，不能将一生积累之经验心得，加以系统总结，笔之于书，以公于世，献给人民，常引以为憾。故晚年常夜阑执笔，撰论达旦。所有遗稿如《脏象发微》、《时斋医话》、《中风》、《痢疾》等，率皆此时所留，但均未脱稿，现在都已整理成篇，出版发行。

2014年12月6日，孔伯华先生诞辰130周年纪念会暨北平国医学院校史陈列室（筹备）启动仪式在全国政协礼堂隆重举行。纪念会由中华中医药学会、北京市中医管理局共同联合主办、孔伯华学院承办，旨在通过继承老一代医家的成长之路及其做人、医人、育人和无私奉献精神，从中医历史人文痕迹和传承中找寻传统教育实质和教育精神，促进中医药的继承与发展。全国人大常委会原副委员长顾秀莲，国务院原副秘书长、国家行政学院原副院长张镜源，中国社会科学院原副院长朱佳木，卫生部原部长高强、原副部长佘静，国家中医药管理局副局长马建中，北京市中医管理局局长屠志涛、北京中医药大学校长徐安龙等出席活动，活动由中华中医药学会副秘书长洪净主持。