中医内科
中医内科是一个大的范畴，心脑血管疾病、糖尿病、肿瘤、中风、肾病、肝病等都属于他的范畴。
心脑血管疾病
孔门医学对脑病亦有极独到的研究，认为脑血管病大都是阴虚肝热、肝阳上亢、痰瘀阻络所致，因此用滋阴潜阳、化瘀通络之方药，能有效地预防和治疗高血压、脑中风。 孔门医学运用化痰通络、活血化瘀、益气养阴诸法治疗各种心脏病，疗效卓著。
中风及后遗症
孔门医学认为中风分中经络和中脏腑两种类型，临床中以通络、益气、活血、镇肝、益阴等方法治疗，效果显著。
糖尿病
中医认为糖尿病机理以阴虚燥热为本。孔门医学擅长滋阴清热，故治疗糖尿病效果极佳。
肿瘤
各种肿瘤及对肿瘤手术、放化疗后的调理。
温热病
所谓温热病，即发热性疾病，包括四时感冒、大叶性肺炎、各种流行病及无名发热等。孔伯华、孔少华两代医家创立的温病治疗方法，独树一帜，自成体系，疗效卓著，丰富了祖国医学宝库。孔门弟子大都擅长此类疾病的治疗。
呼吸系统疾病
包括上呼吸道感染，支气管炎、肺炎、哮喘、胸水、肺癌等。孔少华老大夫生前运用温病学说对这类疾病有很深的研究，疗效卓著。
特色专家：孔令誉、孔德麒、阮劲平、张磊、刘洋
脾胃病
孔门医学对脾胃病有独到的认识，首先是注重调理肝脾的关系，其次是健脾化湿与养胃阴相结合。临床效果显著。
乙肝、肝硬化
我国是乙型肝炎的高发区，孔门学术对肝胆疾病有独到的认识，认为肝病有肝气不舒、湿热郁结、热极伤阴及血瘀水停等机理，运用孔门独特的理法方药治疗，常能收到转氨酶降低、澳抗转阴、控制肝硬化的发展甚至逆转肝硬化的疗效。
肾炎/尿毒症
肾炎、尿毒症、肾病综合症是现代医学的疑难病。中医学认为此类疾病是湿毒内蕴，关隔不通，依此形成独到的治疗方法，临床疗效较高，许多肾炎病人得以彻底治愈。肾衰较重者也常能稳定病情，甚至逆转。
甲亢
中医学认为此类疾病多因阴虚肝热、痰湿郁结所致。
